La historia se centra en Lucy, una declonius (una mutación del ser humano creada por los hombres, que se caracteriza por tener dos pequeños cuernos en la cabeza y dos brazos invisibles de dos metros) que consigue escapar del centro de investigación donde la tenían retenida junto a otros declonius para estudiarla, en la huida es alcanzada por un francotirador que le destruye el casco que protegía su cabeza dejándola inconsciente. Lucy es arrastrada por las olas hasta una playa donde es encontrada por Kouta y Yuca que la llevan a un viejo restaurante. Debido al disparo del francotirador, Lucy ha perdido la memoria por completo y pasa de ser una sádica asesina a una inocente chica que solo sabe decir Nyu, por lo que Kouta y Yuca deciden llamarla así. Con el paso del tiempo, Lucy irá recordando cosas del pasado.