Angel Beats! Se lleva a cabo en el más allá y la historia de nuestro protagonista Otonashi, un muchacho que perdió sus recuerdos de su vida después de morir. Él está inscrito en la escuela del más allá que existe como un término medio entre el cielo y la tierra, donde los estudiantes aprenden a renunciar a todas las cosas que todavía tienen de su vida pasada antes de finalmente ir al cielo. Si bien las lesiones o causas de la muerte se han ido, los que están en la escuela del más allá todavía pueden sentir dolor u otras cosas como lo hacían cuando estaban vivos. Otonashi conoce a una chica llamada Yuri quien lo invita a unirse a la Shinda Sekai Sensen (SSS), una organización que lleva una lucha contra Dios. El consejo de estudiantes en la escuela, dirigida por la presidenta del consejo estudiantil "Ángel", es la encargada de mantener el statu quo y sirven para luchar contra la SSS.