La historia se desarrolla en una escuela secundaria donde los estudiantes tienen uniformes que les dan diferentes poderes y habilidades. El presidente del consejo estudiantil Satsuki Kiryuin impone las reglas por la fuerza. Sin embargo, una estudiante de intercambio llamada Ryuko Matoi se la encuentra en su camino, empuñando una espada de tijera y un uniforme escolar poseído.