La historia tiene lugar en 2013, en una ciudad modelo llamada N°6. Shion es un chico de gran inteligencia que vive en la lujosa área conocida como Cronos, desde los 2 años. El día de su cumpleaños número 12, conoce a Nezumi, quién se ha escapado de un reformatorio. Shion le ayuda, pero la Oficina de Seguridad Pública le despoja de todos sus privilegios, expulsándolo de Cronos y enviándolo a Lost Town. 4 años después, un misterioso accidente lleva a Shion a descubrir el secreto de la ciudad N°6.